复发性口腔溃疡是一种常见病和多发病，各个年龄段都会发生，且无性别差异，但是各个年龄段的溃疡都有各自的病因特点。 对于儿童来说，发生口腔溃疡的原因主要是遗传因素和免疫因素。我们所指的遗传，用医学术语来说是指“遗传易感性”。父母容易发生口腔溃疡，那么孩子发生口腔溃疡的几率就比其他的孩子大。遗传因素是无法避免和治疗的。其次是免疫因素。这里说的免疫力是一种非特异性免疫。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫应答，从而造成组织的破坏。
成年人除上述两个因素以外，最主要的因素是情绪，它对口腔溃疡的发作影响很大。现代社会生活步伐加快，竞争激烈，很容易使人在情绪上不稳定。积极的控制情绪，自我缓解紧张的心情，是治疗的必要步骤。另外，复发性口腔溃疡的发作还与一些疾病有关，比如消化系统胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性或迁延性肝炎、结肠炎等，还有贫血、偏食、发热、睡眠不足、过度疲劳、月经周期的改变、局部刺激、感染等等。随着一种或多种因素的活跃、交替、重叠，就会引起机体免疫力下降，免疫功能紊乱，造成了口腔溃疡的频繁发作。
总的来说，复发性口腔溃疡病因不明，到目前为止全世界的医学界对此尚无定论。一般来说，复发性口腔溃疡是多因素疾病。
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